根据市有关文件规定，市纪委、市监察局共设13个职能机构（其中研究室、纠风室分别与宣传教育室、效能监察室合署）。
一、办公室
负责了解、综合全市纪律检查工作情况；编写市纪委、市监察局大事记，编印简报；承担全市纪检监察案件综合分析、情况统计、月报工作；草拟市纪委、监察局工作计划、总结等文稿；承担机关秘书、文印、档案、机要、保密、财务、保卫等后勤服务工作；负责市纪委常委会的议程安排、会议记录及会务工作；处理和督办市纪委负责同志的专门信件；负责对外接待工作；负责特邀监察员、党风联络员活动的组织工作；负责纪检监察工作目标管理责任制的考核工作；负责组织协调反腐败抓源头工作及机关工会工作。
二、监察综合室
负责收集、综合全市行政监察工作情况；起草以监察局名义印发的文件、通知；负责以监察局名义向省监察厅和市政府请示、汇报工作；负责监察局长办公会议等决定事项的落实情况的催督办等工作；负责组织协调反腐败抓源头工作；处理行政监察日常事务和有关事项。
三、干部管理室
负责对各县（区）纪委、监察局及市直机关纪检监察组织领导干部进行考察了解，提出任免意见；了解各县（区）纪委常委民主生活会情况；掌握全市纪检监察系统组织建设、干部队伍建设情况，进行工作指导；保护纪检监察干部的合法权益，受理并调查对纪检监察干部的检举、控告；负责机关学习、党务、人事工作以及离退休干部的管理工作。
四、宣传教育室（研究室）
负责宣传党风党纪、政纪和有关政策法规；宣传反腐败斗争和党风廉政建设取得的重大成果；宣传在改革开放和反腐败斗争中涌现出来的先进事迹、先进人物；通过新闻媒体对党员干部进行遵纪守法、反腐倡廉教育；组织、指导全市纪检、监察干部的业务培训工作；负责对党风廉政建设和纪检监察工作及其政策问题进行调查研究；指导下级纪检监察机关的调研工作和市纪检监察学会的日常工作；起草重要文件报告；起草党风廉政法规制度实施办法；协同有关部门总结、推广纪检监察工作经验；汇编有关文件资料。
五、执法监察室
负责监督检查党政机关贯彻执行党和国家法律、法规、政策、决定、命令以及省委、省政府、市委、市政府规章、决定、命令的情况；对行政机关的执法、监管工作进行监督检查；制止、纠正在执法监察中发现的错误行为，协同有关室查处违纪违法问题；指导全市纪检监察系统的执法监察工作。
六、纪检监察一室
负责三县二区的纪检监察工作。
七、纪检监察二室
负责市直机关、企事业单位的纪检监察工作。
上述两室，负责联系指导所管地区、部门、单位的纪检监察工作，检查所管地区、部门、单位的市管干部违反党纪政纪的案件；检查监督分管地区、部门、单位的县处级党组织及市管干部贯彻执行党和国家的方针、政策、法律、法规以及决定、命令的情况；协同市委组织部了解县（区）、部门、单位党组织民主生活会情况；负责对分管地区、部门、单位的党风廉政建设工作的检查督促；负责对分管地区、部门、单位的纪检监察机关查处案件的督促、协查和业务指导。
八、效能监察室
负责全市效能建设工作的组织协调、监督检查和综合指导工作；对效能监察对象转变职能、履行职责、提高效率以及执行效能建设规定等情况实施监督检查；组织、协调对党政机关效能建设情况进行绩效考评，提出效能监察意见或建议；查办关于效能监察对象违反效能建设规定的投诉；调查处理效能监察对象不履行或不正确履行职责，违反效能建设规定的行为；对涉及全市经济社会发展大局的重大项目建设及监察对象贯彻落实市委、市政府中心工作目标任务等情况进行监督检查；履行市经济发展软环境建设与管理办公室职能；完成上级机关和领导交办的其他效能监察事项。
九、案件审理室
负责审理由市委、市纪委批准查处的违反党纪的案件、报送省委、省纪委审批的案件；审理由市监察局自查并直接作出行政处理的监察对象违反政纪的案件、报省监察厅审批的案件；审理下级纪检监察机关报送的特别重要的复杂案件、备案案件；审理下级纪委对同级党委处理案件的决定有不同意见，请示予以复查或复议的案件；受理按规定应由市监察局复审、复核的案件；受理科级以上党员干部不服党纪处分，监察对象不服政纪处分的申诉；指导全市纪检监察系统的案件审理工作。
十、信访室（市行政监察举报中心、市行政效能投诉中心）
负责受理个人或单位对党组织、党员、监察对象违反党纪、政纪行为的检举、控告及党、政纪律处分不服的申诉；受理涉及依法行政、工作效率、工作作风、服务质量等行政效能问题和违反公开承诺行为的检举、投诉；综合分析和反映检举、控告、申诉情况及突出的问题；依据规定向有关单位移送、交办检举和控告、申诉信访件，并督促检查办理情况；承担举报中心、投诉中心的相关具体工作。
十一、党风廉政建设室（市“惩治腐败廉政建设领导小组办公室”）
负责对全市党风廉政建设工作及开展专项治理提出部署建议；调查研究、拟定有关制度和规定；组织推广各地经验，草拟党风廉政建设有关情况通报；协调党风廉政建设中重大案件的查处工作；综合全市党风廉政建设工作情况；承办省廉政办、市惩治腐败建设领导小组交办的工作；负责领导干部廉洁自律工作；组织、协调、指导、检查全市党务公开工作。
十二、纠风室
调查、研究、综合分析全市部门和行业不正之风情况，提出纠正部门和行业不正之风、加强行风建设的意见和建议；组织开展纠正部门和行业不正之风的专项治理等工作；督促、检查和指导全市行风建设和纠正部门和行业不正之风工作；协助有关部门贯彻落实好从源头上预防和治理腐败的措施；负责不正之风案件的调查处理；研究部署、检查、指导全市政务、村务等公务公开工作。
十三、案件管理室
负责指导全市纪检监察机关案件管理工作，研究制定案件管理和案件检查方面的规章制度；负责案件的数据统计和综合分析；负责案件线索的统一管理，跟踪掌握案件的办理情况；负责查办案件相关工作的联系协调；负责重要案件的跟踪督办，对上级机关和领导批办、交办案件及事项的落实情况进行监督检查；负责对查办案件工作进行监督管理，监督检查有关规章制度的贯彻落实情况，审核办理“两规”“两指”措施手续并对实施情况进行监督检查，监督检查违纪违法暂扣款物的管理、缴存情况；完成领导交办的其他任务。
